La Biodiversidad, hace referencia al número de organismos (flora y fauna) de una región y se le conoce como la riqueza de especies de una zona determinada, esta riqueza de especies con la que cuenta el Municipio de El Marqués constituye un patrimonio biológico municipal que debe ser conservado y estudiado tanto para las presentes como para las futuras generaciones marquesinas.

La importancia del conocimiento de esta riqueza radica en que a partir de éste podremos cuidar, proteger y valorar los servicios ambientales que nos proveen tanto la flora como la fauna y establecer estrategias para la implementación de programas para la conservación de nuestra Biodiversidad, dando prioridad a las especies silvestres con algún estatus de conservación de acuerdo con la NOM-059-SEMARNAT-2010; de las 331 especies que contienen el catálogo 24 están dentro de una categoría de riesgo como lo muestra los siguientes gráficos.